Las orquídeas son una de las familias más diversas y fascinantes del reino vegetal. Con más de 26,410 especies y una amplia variedad de formas, colores y olores y especies. Tienen una reputación de ser plantas difíciles de cultivar, lo que les ha contribuido a su atractivo y estatus como plantas muy apreciadas.
Para entender mejor el mundo de las orquídeas, es importante estudiar las investigaciones y conocimientos científicos que sustentan el estudio de estas plantas. En este trabajo se presentan diversas estadisticas en su distribución a lo largo del territorio y ubicadas en las áreas de conservación.
Esta informacion fue obtenida del sitio oficial de Áreas de conservación de Costa Rica en Web Feature Service (WFS) publicado por el Sistema Nacional de Áreas de Conservación (Sinac) y el Registros de presencia de orquídeas de Costa Rica obtenidos a través de una consulta al portal de datos de GBIF
# Carga de paquetes
library(tidyverse)
library(DT)
library(sf)
library(rgdal)
library(raster)
library(terra)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(viridisLite)
library(plotly)
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(devtools)# Carga de datos de Orquídeas
orquideas <-
st_read(
"orquideas.csv",
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", # columna de longitud decimal
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude" # columna de latitud decimal
),
quiet = TRUE
)
# Asignación del CRS WGS84
st_crs(orquideas) <- 4326
# Carga área
areac <-
st_read(
dsn = "areaconservacion.geojson",
quiet = TRUE
) |>
st_transform(4326) # reproyección a WGS84# Unión espacial de orquideas y el área
orquideas_union_area <-
st_join(
x = orquideas,
y = dplyr::select(areac, codigo_ac), # selección de columna
join = st_within
)
# Despliegue de los datos unidos de orquideas y la columna codigo
orquideas_union_area |>
st_drop_geometry() |>
dplyr::select(species, locality, codigo_ac) |>
datatable(
colnames = c("Especie", "Localidad", "Código del área"),
options = list(
pageLength = 5,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)# Conteo de la cantidad de especies de orquídeas en el area
orquideas_area <-
orquideas_union_area |>
st_drop_geometry() |>
group_by(codigo_ac) |>
summarize(riqueza_especies_orquideas = n_distinct(species, na.rm = TRUE))
# Despliegue de la cantidad de especies de orquídeas en cada área
orquideas_area |>
arrange(desc(riqueza_especies_orquideas)) |>
datatable(
colnames = c("Código del área", "Riqueza de especies de Orquídeas"),
options = list(
pageLength = 5,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)# Unión (no espacial) del área y riqueza de especies de orquídeas
area_union_riqueza <-
left_join(
x = areac,
y = dplyr::select(orquideas_area, codigo_ac, riqueza_especies_orquideas),
by = "codigo_ac"
) |>
replace_na(list(riqueza_especies_orquideas = 0))
# Despliegue de los datos de riqueza de especies en el area
area_union_riqueza |>
st_drop_geometry() |>
dplyr::select(nombre_ac, riqueza_especies_orquideas) |>
arrange(desc(riqueza_especies_orquideas)) |>
datatable(
colnames = c("Área", "Riqueza de especies de Orquídeas"),
options = list(
pageLength = 5,
language = list(url = '//cdn.datatables.net/plug-ins/1.10.11/i18n/Spanish.json')
)
)# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <-
colorNumeric(
palette = "Purples",
domain = area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,
na.color = "transparent"
)
# Paleta de colores de especies
colores_especies <- colorFactor(
palette = viridis(length(unique(orquideas$species))),
domain = orquideas$species
)
# Mapa leaflet
leaflet() |>
setView(
lng = -84.19452,
lat = 9.572735,
zoom = 7) |>
addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
addProviderTiles(
providers$Esri.WorldImagery,
group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
) |>
addPolygons(
data = area_union_riqueza,
fillColor = ~ colores_riqueza_especies(area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),
fillOpacity = 0.8,
color = "black",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
popup = paste(
paste("<strong>Cantón:</strong>", area_union_riqueza$nombre_ac),
paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas),
sep = '<br/>'
),
group = "Riqueza de especies"
) |>
addScaleBar(
position = "bottomleft",
options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_riqueza_especies,
values = area_union_riqueza$riqueza_especies_orquideas,
group = "Riqueza de especies",
title = "Riqueza de especies de Orquídeas"
) |>
addCircleMarkers(
data = orquideas,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = ~colores_especies(orquideas$species),
fillOpacity = 1.0,
popup = paste(
paste0("<strong>Especie: </strong>", orquideas$species),
paste0("<strong>Localidad: </strong>", orquideas$locality),
paste0("<strong>Fecha: </strong>", orquideas$eventDate),
paste0("<strong>Fuente: </strong>", orquideas$institutionCode),
paste0("<a href='", orquideas$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
sep = '<br/>'
),
group = "Registros de presencia"
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_especies,
values = orquideas$species,
title = "Especies",
group = "Registros de presencia"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c(
"Mapa general (OpenStreetMap)",
"Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
),
overlayGroups = c(
"Riqueza de especies",
"Registros de presencia"
)
) |>
addResetMapButton() |>
addSearchOSM() |>
addMouseCoordinates() |>
addFullscreenControl() |>
hideGroup("Registros de presencia")